Kewenangan

• Permasalahan yang muncul dalam kewenangan daerah adalah terjadinya friksi antara pemerintahpusat dan daerah provinsi, provinsi dan kabupaten serta internal kabupaten.
• Untuk itu diperlukan penyesuaian terhadap pengaturan-pengaturan yang tumpang tindih danbertentangantentang suatu  kewenangan serta perlu adanya penataan ulang kewenangan antara   pusat, provinsi dan kabupaten dengan memperhatikan aspek               economies of scale, akuntabilitas dan externalitas.

Kelembagaan

• Dalam elemen kelembagaan permasalahan yang muncul adalah dengan adanya batas maksimumjumlahdinas akan terjadi pengurangan beberapa pejabat eselon II, III dan IV yang akan berpotensi mengganggu iklim politik daerah.
• Makauntuk mengatasi kekecewaanatau konflik kepegawaian dan organisasi yang diakibatkan oleh para pejabat yang di rasionalisasi, dapat dikembangkan jabatan fungsional bagi mereka yang memenuhi persyaratan.
• Diperlukan adanya pengaturan secara tegas mengenai kemungkinan optimalisasi kelembagaan pemda serta memilih lembaga-lembaga publik dalam pembentukan unit-unit organisasi otonom, atau menyerahkan urusan kepada pihak swasta (partisipasi) atau kemitraan antara pemda dengan swasta (Publik Private Partnership) selain itu juga diperlukan adanya standar kelembagaan baik besaran ataupun nomenklatur.

Personel

• Pegawai daerah cenderung di kooptasi oleh kekuatan-kekuatan politik yang ada di daerah. Status para pegawaidaerahmenjadi sangat statis, kemudian munculnya isu “putra daerah” karena penafsiran otonomi yang sempit.
• TidakadanyaTour of area akan membayakan kedaulatan NKRI. Selain itu    daerah akan sangat berkepentingan dalam mengangkat pengawai baru        yang terkadang dengan kulitas dan kuantitas yang tidak rasional.
• Akan adanya kerancuan antarajabatan politis (Political Appointee) dan jabatan karir (Career Appointee).
• Untuk mengatasi permasalahan tersebut sebaiknya pegawai pada tingkatan tertentu (misalnya Sekda) sebaiknya menjadi kewenangan Pusat. Dilakukan penyesuaian antara undang-undang dengan peraturan pemerintah pelaksananya dan pemisahan antara pejabat politik dengan pejabat karir. Diperlukannya standar kompetensi yang jelas.

Keuangan Daerah

• Akan terjadi konflik penguasaan kewenangan yang akan menghasilkan penerimaan pada orang atau instansi dengan tidak merata, keuangan daerah yang kurang mencukupi kebutuhan (Financial insufficiency).
• Kurangnya kepatuhan pada peraturan dan lemahnya penegakan hukum.
• Overhead cost pemerintah daerah yang tinggi, kurangnya transparency dan akuntabilitas dalam penyesuaianAPBD.
• Kurangnyakejelasansistem pembiayaan melalui dekonsentrasi dan tugas pembantuan. Terbatasnya pemanfaatan DAK dan kurangnya management asset dan mekanisme pinjaman dan kebijakan investasi yang belum jelas serta terjadi pemisahan keuangan eksekutif dengan legislatif.
• Untuk sebaiknya keuangan pemerintah daerah harus dikaitkan dengan pembiayaan pelayanan yang dilakukan. Sumber-sumber perekonomian nasional yang ada di daerah dikelola oleh pusat atau kemitraan antara pusat dan daerah kemudian sistem subsidi yang ada didasarkan pada fiscal gap yang muncul atas dasar perbandingan antara Fiscal capacity dengan fiscal need.
• Pembiayaanpelayanankhususnya untuk pelayanan kebutuhan dasar disusun berdasarkan atas standar          pelayanan yang ditetapkan oleh pemerintah. Dilakukan pemisahan biaya gaji pegawai dari dana alokasi umum (DAU) dan untuk dapat meningkatkan dana DAU maka diperlukan rasionalisasi dana sektorat yang masih besar dalam alokasi APBN.
• Untuk mengoptimalkan kontrol fasilitaspusat dalamotonomi daerah, maka perlu adanya revitalisasi peran gubernur sebagai wakil pusat di daerah. Dan untuk membantu daerah dalam memperbaiki prasarana daerah maka perlu adanya alokasi DAK.

artikel terkait : Desentralisasi dan Implikasinya